Ressources

Compte-rendu

bientôt disponible

Carnet de bord

• https://codimd.math.cnrs.fr/MIFuxmu1R1Gh5zh5gUlvZQ?both

Supports des présentations

• Ocean Spy (Catherine Borremans, Ifremer)
• Ocapi (Julien Ricard, Terroiko)
  
• Gaia Data (Yvan Le Bras & Olivier Norvez, PNDB Data Terra)
  
• Vigie Chiro & Tadarida (Yves Bas, MNHN)
  
• SpiPoll (Colin Fontaine, MNHN)
• TERRA FORMA (Maxime Cauchoix, CNRS - SETE)
  
• Pl@ntNet (Pierre Bonnet, CIRAD)
  
• APLOSE (Dorian Cazau, ENSTA)
  
• imaginecology_reconnaissance_insectes (Jean Cohen, Vigie Nature)
  
• Bird It ! (Laura Schillé, INRAE)
  
• Consortium Sound Of LIfe (Joséphine Simonot, CNRS)
  
• SPOT (Colin Van Reeth, CREA Mont-Blanc)
• One Forest Vision initiative (Hugo Magaldi, MNHN)
  
• ecoSound-Web (Kevin Darras, INRAE)
  

Formation cycle de vie des données en biodiversité (Cesab-FRB / PNDB / GBIF France)

• https://biodiversitydata.github.io/ 

Bonnes pratiques en science ouverte

• cycle de vie des données par Doranum
  
• principes FAIR par la Science Ouverte
  
• Reproductibilité en écologie par le CESAB

 Ressources du GBIF sur les données issues des "camera trap"

• Reyserhove L, Norton B & Desmet P (2023) Best Practices for Managing and Publishing Camera Trap Data. GBIF Secretariat: Copenhagen. https://doi.org/10.35035/doc-0qzp-2x37
• Webinaire "Exploring camera-trap data" https://www.gbif.org/fr/composition/4fZGV2vrXjo3rNxySz41sj/exploring-camera-trap-data
  

Vocabulaire en éco-informatique et biodiversité

• glossaire du PNDB
• Thésaurus de l'INIST sur la biodiversité

 Galaxy-Ecology

• Descriptif de Galaxy-Ecology
• Tutoriels de Galaxy-Ecology

Ressources bibliographiques en écoinformatique

• Vous trouverez sur le site web du PNDB un florilège non exhaustif de ressources bibliographiques en éco-informatique et données de biodiversité dont le PNDB se sert régulièrement. Ces dernières portent aussi bien sur des concepts & théories scientifiques que sur des outils & approches techniques.
• Articles sur l'annotation en biodiversité
  
  • Nature 4.0: A networked sensor system for integrated biodiversity monitoringhttps://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/gcb.17056
  • ecoSound-web: an open-source, online platform for ecoacoustics https://f1000research.com/articles/9-1224/v2
  • A Standardised Vocabulary for Identifying Benthic Biota and Substrata from Underwater Imagery: The CATAMI Classification Scheme https://doi.org/10.1371/journal.pone.0141039
    
  • Novel community data in ecology-properties and prospects https://doi.org/10.1016/j.tree.2023.09.017
    

 Gestion, structuration et analyse de données de biodiversité / reproductibilité

• la page GitHub du CESAB
• liens vers les supports de présentations & excercices donnés le jeudi 21/11/2024
  
  • https://frbcesab.github.io/intro-git
  • https://frbcesab.github.io/good-practices
  • https://rdatatoolbox.github.io/chapters/ex-compendium.html
  • https://github.com/frbcesab/rcompendium