Programme

Cette année la thématique principale bien que non “obligatoire” quant aux sujets d’ateliers/formations proposés par les participants et l’équipe d'organisation, portera sur l'annotation (son & images) des {méta}données de biodiversité.

illustration_annotation

Programme final

Journée 1 (mardi 19 novembre)

  • 9h15-13h00 : présentation des personnes/projets impliqués dans l'annotation (présentiel et distanciel) [lien visio] :
     
    en distanciel (accès visio)
     
     
     
    en présentiel à Moulis (accès visio)
     
     
     
  • 14h00-17h : collecte terrain autour de la station avec capatation de son et d'images qui enrichiront les ateliers des journées 2 et 3 (présentiel)

 

Cocktail dinatoire

  • 18h30-22h30 (présentiel)
  • Lieu : bientôt disponible 

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Journées 2 (mercredi 20 novembre)

Atelier 1 : Catalogues de logiciels d'annotation

  • 09h00-12h00 (présentiel)
  • Lieu : station d'écologie, salle de conférence
  • Animateurs : Kevin Darras (INRAe) et Catherine Borremans (Ifremer)
  • Scribe : Yvan Le Bras (MNHN, PNDB)

Résumé :

Sur la base d'une revue sur les logiciels écoacoustiques et les logiciels d’annotation d’images:

  • Nous comparerons les flux de données des données acoustiques et images.
  • Une catégorisation de fonctionnalités de logiciels pour l'annotation audio et photo sera présentée et discutée.
  • Nous déterminerons quelles méta-données enregistrer pour les annotations des différents types de médias.
  • Les participants évalueront les fonctionnalités des logiciels avec les médias enregistrés lors de la sortie de terrain.

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Atelier 2 : Citizen empowerment / Expérience utilisateur

  • 13h30-15h30 (présentiel)
  • Lieu : station d'écologie, salle de conférence
  • Animateurs : Maxime Cauchoix (CNRS) et Dorian Cazau (ENSTA)
  • Scribe : Olivier Norvez (PNDB, MNHN)

Résumé : Nouveaux outils pour favoriser des interactions humain-IA vertueuses : vers un guide naturaliste 2.0 interactif 

Pendant cet atelier nous travaillerons sur les fonctionnalités permettant de rendre les outils d’annotations attractifs et pertinents pour une large communauté d’utilisateurs (chercheurs, experts naturalistes, NGO, citoyens, bureaux d’études).  

Ainsi nous discuterons des interfaces conviviales existantes ou à construire se basant sur l’IA, non pas pour remplacer l’humain, mais pour simplifier au maximum le travail d’annotation, d’identification et de validation des humains impliqués dans des suivis de biodiversité quel que soit leur niveau d’expertise. Dans ce contexte, l'IA prend en charge les tâches laborieuses et répétitives (détourage des individus, identification d’espèces communes, identification à la famille ou au genre pour les taxons peu étudiés, détection de régions d’intérêt dans des enregistrements acoustiques de longue durée). Les utilisateurs peuvent ainsi dédier leur temps de participation aux situations demandant la créations de nouvelles connaissances (reconnaissance d’espèces peu ou pas représentées, comportements) et à la validation des données jugées litigieuses (faible niveau de confiance de l’IA, incohérence géographique ou phénologique). 

Propositions de pistes à explorer: 

  • L’affichage d’exemples prototypiques représentant les espèces entre lesquelles l’IA ne peut trancher ;
  • Des clés d’identifications visuelles mettant en valeurs les critères diagnostiques utilisés pour l’identification au niveau taxonomique inférieur à celui renvoyé par l’IA (cf. https://xper3.fr/) ;
  • Des cartes de distributions des espèces et des courbes phénologiques ; 
  • Des données écologiques clés (ex : la préférence d’habitat). 
  • Collaboration avec les plateformes web de données biodiv (Faune France, LMDI, Inaturalist etc..)
  • Implémentation de méthodes d’évaluations de la fiabilité des annotations/identifications par les foules

La combinaison de toutes ces fonctionnalités (outils de pré-identification et outils d’aide à la décision) feront de cette plateforme un véritable guide naturaliste 2.0 interactif inédit.

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Atelier 3 : “FAIRiser” les briques logicielles sélectionnées & pertinentes

  • 16h00-18h00 (présentiel)
  • Lieu : station d'écologie, salle de conférence
  • Animateur : Yvan Le Bras (MNHN, PNDB)
  • Scribe : Catherine Borremans (Ifremer)

Résumé:

Atomisation et processus de généralisation des différents outils existants et des étapes minimales (bonnes pratiques, principes FAIR, reproductibilité, Containerisation / condaification ) en annotation :

  • Workflow “méta” déjà créé via ecosound web (en-tête du fichier partagé) 
    • Est-ce que ce workflow “méta” semble robuste et/ou doit être modifié / amélioré pour l’acoustique
    • Est-ce que ce workflow “méta” semble transposable à images et vidéos ou du moins pouvoir servir comme base à un travail similaire (atelier 2) en images et vidéos
  • Workflow (Data management - Signal processing - Audio navigation - Acoustic analysis - Collaboration)

Nota Bene : içi “workflow” = vue comme un ensemble de briques analytiques de types fonctions d’un package / d’une librairie qui pourraient être utilisable en ligne de commande et intéressants à combiner dans un workflow / pipeline potentiellement utilisable par le web via moteur de workflow comme Galaxy. Potentiellement pas pertinent !

 

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Journées 3 (jeudi 21 novembre)

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Atelier 4 : pérennisation (infrastructure, produits, services, RH), plan de gestion de données et cahier des charges

  • 09h00-12h30 (présentiel/distanciel) [lien visio]
  • Lieu : station d'écologie, salle de conférence
  • Animateurs : comité d'organisation
  • scribes: comité d'organisation

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Formations et/ou randonnées

  • 14h00-17h00 (présentiel)
  • randonnées libres autour de la station
  • et/ou formations
    • Formation introductive aux principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Intéropérable, Réutilisable)
    • Formation introductive GitHub / GitLab
    • Formation introductive R Shiny
    • Formation introductive reproductibilité

formation

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